根据现有信息，新疆最大的土鸡养殖基地为 昌吉市，其鸡苗养殖规模已达到全疆领先水平。以下是具体说明：

产业基础与规模

昌吉市已建成泰昆、绿梦等6个规模化鸡苗养殖基地，年供应鸡苗达2000万羽，成为新疆最大的鸡苗供应基地。

监管与质量保障

该市注重养殖质量，1-10月完成1200万羽鸡苗申报检疫，并对规模化鸡场进行2批次执法检疫检查，确保无重大疫情发生。

合作模式与产业链整合

昌吉市采用“公司+农户+合作社”的合作模式，推动玫瑰冠鸡养殖产业发展，致力于形成集养殖、屠宰、加工、销售于一体的综合产业园区。

综上，昌吉市凭借规模优势、质量监管和产业链整合，成为新疆土鸡养殖领域的龙头企业。