肉鸡强制换羽的缺点主要包括以下几点：

免疫力下降：

强制换羽会延长种鸡的利用时间，但同时也导致种鸡内脏器官及组织的退化，使种鸡的免疫力下降，更容易发生疾病。

垂直传播疾病放大：

强制换羽会放大一些垂直传播疾病的感染程度，使得这些疾病更容易垂直传播给下一代鸡苗。每换羽一次，这些垂直性传染病就放大一次，如白血病、网状内皮组织增殖病、腺病毒、滑液囊支原体、病毒性关节炎、沙门氏菌、霉毒支原体病等。

后代疾病易感性增强：

由于种鸡的垂直传播性疾病对后代的影响，使得鸡苗的一些免疫抑制性疾病不断发生，强制换羽会使种鸡上的免疫抑制病更加严重，使所孵化的鸡苗从小就带有免疫抑制性疾病，网状内皮组织增殖病、白血病比以往更早地表现出临床变化。

生产性能受影响：

强制换羽后，如果体重下降过多而卵壳腺上的脂肪还不少，会导致换羽后产蛋性能下降。此外，换羽时鸡舍的温度控制不当也会影响产蛋性能。

操作要求高：

人工强制换羽是一项精细的技术，必须给予严格的环境条件控制和防疫程序，以及合理的饲养管理才能保证换羽成功，保障第二产蛋周期的生产性能。

综上所述，强制换羽虽然在一定程度上可以缩短休产时间并恢复发病鸡群的产蛋性能，但其对种鸡健康和生产性能的负面影响也不容忽视。因此，在实施强制换羽时，必须采取科学合理的措施，尽量减少其带来的不利影响。